Grazie per aver inviato la tua richiesta! Uno dei nostri team membri ti contatterà a breve.
Grazie per aver inviato il tuo prenotazione! Uno dei nostri team membri ti contatterà a breve.
Struttura del corso
Introduzione alla Genomica Microbica
- Panoramica della genomica microbica e metagenomica
- Tecnologie di sequenziamento e progetti tipici
- Format principali dei file e organizzazione dei dati
Controllo della Qualità e Preprocessing
- Valutazione della qualità delle reads e trimming
- Rimozione dell'ospite e screening delle contaminazioni
- Normalizzazione delle reads e considerazioni successive
Metodologie di Profilatura Taxonomica
- Profilatura basata su marker con MetaPhlAn
- Metodi basati su k-mer e classificazione con Kraken2 e Bracken
- Confronto degli output di profilatura e visualizzazione
Assemblaggio del Metagenoma e Binning (panoramica)
- Strategie di assemblaggio e utilizzo di SPAdes
- Concetti di binning delle contighe e strumenti comuni (breve introduzione)
- Valutazione della qualità dell'assemblaggio e completezza
Annotazione del Genoma e MLST
- Annotazione dei genomi con Prokka
- Esecuzione di MLST e interpretazione dei tipi di sequenza
- Generazione di report per la condivisione dei risultati
Chiamata di SNP e Filogenetica
- Flussi di lavoro basati su mapping per la chiamata di SNP con Snippy
- Costruzione di alberi filogenetici con IQ-TREE
- Visualizzazione e interpretazione degli alberi con iTOL
Resistenza Antimicrobica e Profilatura Funzionale
- Rilevamento di geni AMR con AMRFinderPlus, CARD e ResFinder
- Profilatura funzionale e riepilogo dei percorsi metabolici
- Reporting della resistenza e delle annotazioni funzionali
Workflow Riproducibili e Best Practices
- Utilizzo di Conda, Docker e template di pipeline per la riproducibilità
- Gestione dei dati, standard delle metadata e principi FAIR
- Scalabilità delle analisi con risorse cloud e notebook
Studi di Caso e Laboratori Pratici
- Analisi di ampieggi 16S/18S da reads raw a tabella taxonomica
- Profilatura metagenomica e analisi comparativa tra campioni
- Assemblaggio del genoma, annotazione, filogenetica SNP e reporting AMR
Riepilogo e Passi Successivi
Requisiti
- Familiarità con concetti biologici di base come il DNA e i geni
- Si consiglia di essere a proprio agio nell'uso di un'interfaccia a riga di comando
- Comprensione di base dei concetti di sequenziamento e dei formati di file (FASTQ, FASTA)
Pubblico
- Microbiologi
- Ricercatori accademici
- Personale di ricerca e scienziati industriali interessati alla genomica microbica
21 Ore
