Microbial Genomics Formazione in Roma

La genomica microbica e la metagenomica combinano tecnologie di sequenziamento e analisi computazionale per profilare comunità microbiche, caratterizzare genomi e rilevare tratti funzionali come la resistenza agli antibiotici.

Questo corso guidato dal formatore (online o in presenza) è rivolto a ricercatori e bioinformatici di livello base-intermedio che desiderano eseguire analisi pratiche dei dati di sequenziamento genomica microbica e metagenomica.

Al termine di questo corso, i partecipanti saranno in grado di:

• Descrivere flussi di lavoro comuni e formati di file chiave utilizzati nella genomica microbica.
• Eseguire il controllo qualità e la pre-elaborazione dei dati raw NGS.
• Eseguire il profilo tassonomico utilizzando approcci basati su marcatori e k-mer.
• Assemblare e annotare genomi e plasmidi microbici.
• Rilevare SNP, costruire filogenie e interpretare la struttura delle popolazioni.
• Prevedere geni di resistenza agli antibiotici e riassumere i profili funzionali.
• Utilizzare flussi di lavoro riproducibili con Conda, Docker e report basati su notebook.

Formato del Corso

• Lezioni introduttive ai concetti e agli strumenti (20%).
• Sessioni pratiche con set di dati esemplificativi (60%).
• Discussione aperta e analisi guidata per consentire ai partecipanti di applicare i metodi ai loro dati (20%).

Opzioni di Personalizzazione del Corso

• Per richiedere un workshop personalizzato focalizzato su metagenomica clinica, ambientale o industriale, contattateci per organizzare.